「待ってろ……蘭！」

横浜で自動運転バスの試乗会に参加したコナン、蘭、世良。
しかし突如、蘭を1人乗せたままバスが暴走を始める！
コースを外れたバスを追うコナンと世良。そして神奈川県警交通機動隊の萩原千速も白バイで追走する。

「指令センター、応答願います！車内には……時限爆弾が仕掛けられている模様です！」
しかし、指令センターにいるあなたもまた、未曾有の危機に直面していた。
ウイルスによってシステムが乗っ取られ、バスをコントロールできなくなっていたのだ……！

現場を奔走するコナン、世良、千速。犯人を捜査する横溝重悟。
そして、指令センターに残された最新鋭のシステムを駆使するあなた。
バスの行方は？システムを乗っ取った犯人の目的とは？
指令センターから横浜の街にいるコナン達と協力し、絶体絶命の危機から蘭を救い出せ！

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