幕末の絡繰師、三水吉右衛門が作った絡繰館。
そこには幻の宝石「闇夜の輝き」が隠されているという噂があり、館の暗号を解くことでそのありかが示されるという。

その絡繰館に、怪盗キッドから予告状が届く。
「満月の夜、『闇夜の輝き』にお目にかかるべく参上いたします」

館の所有者から依頼されたコナンと平次、そして警備にあたっている警察官のあなたは、キッドより先に宝石を手に入れるため、光と影で作られる複雑怪奇な暗号解読に挑む。
しかし解読中に館の絡繰が作動し、平次が館の一角に閉じ込められ、さらに怪盗キッド侵入の知らせが館に響く。

コナン、平次、あなたが挑む暗号の先にあるものとは…！
そして、キッドの狙いとは……？